主に株式譲渡、株式交換、事業譲渡、第三者割当増資、合併、会社分割などが一般的に行われています。
そしてその手法それぞれにメリット、デメリットがあり、自社に合った手法を選択することもM&Aを成功させる上で重要な鍵となります。

株式譲渡

売手企業の株主が保有する株式を譲り、現金を対価として、会社の経営権を譲り渡す方法です。
（中小企業のM&Aで一般的な方法です。）

手続きが非常に簡単なことや、株主に譲渡代金が入る点、売手企業は現状のまま存続する点がメリットです。
会社の名称や会社が持っている債権債務、契約関係はすべて引き継がれるため、要らない資産やM&A成立以前には分からなかった簿外債務が発覚した場合に、引き継ぐリスクがある点です（そのため、デューデリジェンスはしっかり行う必要があります）。

事業譲渡

事業譲渡とは、売手の企業の事業部門や会社資産の一部又は全部を買手企業に譲る方法です（よって株式の譲渡は伴いません）。
事業譲渡は、株式譲渡に次いで中小企業のM&Aではよく使われている手法です。

メリットとして、買手企業は不要な資産や簿外債務の引継ぎを避けることができる点（それらのリスクを負わなくて済むこと）と、売手企業は譲渡したい事業や資産だけを引き渡すことができる点です。
デメリットは、一般的に手続きが株式譲渡に比べて煩雑な点が挙げられます。

第三者割当増資

第三者割当増資とは、特定の投資家・企業に対して新規に株を発行する方法です。
売手企業の会社に現金が入ります（そのため株主には現金は入りません）。

メリットとして、買手側企業は短期間で経営支配権を取得することができる点、一方で売手企業は新規に株を発行することで資金調達を行い、 事業拡大のための設備投資にあてることができる点が挙げられます。
デメリットは、既存株主の保有する株式の割合が下がることで、既存株主からの批判を受ける可能性がある点です。

株式交換

株式交換とは、売手企業の既存株主がその保有株式を買手企業に譲渡し、買手企業はその対価として自社株式を割り当てる手法です。
メリットは、買手企業は現金がなくても売手を買収できる点と、新会社法の施行により特定の売手企業の株主に対して現金を交付することで、
株式交換後の株主を選別したり、株主数を調整できる点が挙げられます。
デメリットは、手続きが煩雑で買収企業が非公開企業の場合、入手した株式の現金化が難しい点です。

合併

合併とは、2つ以上の企業が一つになる方法です。合併により、売手企業の資産・負債が包括的に買手会社に移転し、売手企業は消滅します。また新たに会社を設立する新規合併と、どちらかが残り一方を吸収する吸収合併に分けることが可能です。

メリットとしては買手企業は現金の準備不要な上、買収後のリスクを売手と共有できる点が挙げられます。
デメリットとしては合併により消滅することに対する売手側の抵抗感や、合併後も企業同士の社風の違い等が原因で社内の対立・すれ違いが生じる可能性がある点です。

会社分割

会社分割とは、企業が機動的に組織を再編し、効率的な経営ができるように事業部門を分離・独立させる手法のことを言います。
会社分割には新会社を設立する新設分割と、他の企業に吸収させる吸収分割があります。
メリットとしては買手企業は現金の準備が不要な上、資産や契約などの手続きが簡単な点です。
デメリットは、買手側は不要な資産や簿外債務を引継ぐリスクがある点と、売手企業は買手が非上場会社の場合、株式の現金化が困難な点が挙げられます。